秋田県難病連は各市町村からの補助金・負担金を受けており、それに秋田県共同募金会をはじめとする団体や個人からの寄付、加盟団体からの会費などによって運営されています。


毎年の秋田県難病連の活動方針や予算は、加盟団体の代表者・理事が参加する総会で決定され、それに基づいて理事会が難病連の運営にあたっています。難病連事務局には、事務局員が常時勤務(土休日除く10時～16時)して日常の業務にあたっております。

組織 － 理事長、副理事長、事務局長、理事、監事
運営 － 総会、理事会